Рекомендуемые для бэкапа директории и файлы в Debian

Кроме собственно ваших рабочих файлов, будет черезвычайно полезно держать в безопасном месте содержимое следующих директорий:
/etc
/var/lib/dpkg
Также необходимо сохранить файл:
/var/lib/apt/extended_states
и вывод команды dpkg --get-selections "*"
если используется aptitude, то сохраняем и файл /var/lib/aptitude/pkgstates
Пакеты, которые установлены в системе хранятся в /var/cache/apt/archives/
Файлы нужныйе для работы apt-file лежат в /var/cache/apt/apt-file

Создание массива из имен файлов в командной стрке bash

Демонстрируется как создать массив из имен файлов в командной строке.
Делается так же вывод этого массива на стандартный выход. Двумя способами, между которыми принципиальных различий нет. Дело вкуса. Не забываем, что IFS - переменная, значение которой возможно придется восстановить.
Остальное оставлю без комментариев:

DIR="/path/to/dir"
IFS=$'\n' 
DirsArray=($(find $DIR -maxdepth 1 -type f))
DirsLenght=${#DirsArray[@]}
for (( i=0; i<${DirsLenght}; i++ ));
do
  echo "${DirsArray[$i]}"
done
for j in $(seq 0 $((${#DirsArray[@]} - 1))) ; do
  echo $j ":" ${DirsArray[$j]}
done